Nel novembre 1954 la CIA era entrata nel mondo dell'alta tecnologia con il suo Progetto U-2 da ricognizione aerea. Lavorando con il laboratorio di Sviluppo Avanzato della Lockheed a Burbank, California, noto come Laboratori della Puzzola, e Kelly Johnson, un eminente ingegnere aeronautico, l'Agenzia testò nell'agosto 1955 un aereo sperimentale da alta quota - l'U-2. Poteva volare a 20000 m; negli anni '50 la maggior parte degli aerei di linea commerciali volavano tra i 3000 e i 7000 m. Di conseguenza, una volta che l'U-2 iniziò i suoi voli sperimentali, i piloti de linea commerciali e i controllori del Traffico aereo hanno iniziato a scrivere rapporti su un grande aumento di avvistamenti OVNI. (44)
Il primo U-2s era color argento (poi furono dipinti di nero) e rifletteva i raggi del sole, soprattutto al levarsi del sole al tramonto. Sono apparsi spesso come oggetti ardenti agli avvistatori. Gli investigatori dell'aviazione del Projet BLUE BOOK una volta informati dei voli segreti dell'U-2 tentarono di spiegare tali avvistamenti legandoli ai fenomeni naturali come cristalli di ghiaccio e inversioni termiche. Verificando con l'équipe del Projet U2 dell'Agenzia a Washington, gli investigatori del BLUE BOOK furono capaci d'attribuire molti avvistamenti di OVNI ai voli dell'U-2. Ebbro la prudenza, di non rivelare la causa reale delle osservazioni al pubblico.
Dopo le valutazioni tardive degli ufficiali della CIA che hanno lavorato sui progetti U-2 e OXCART (SR-71, o Blackbird), più della metà dei rapporti sugli OVNI dalla fine degli anni '50 agli anni '60 era esplicabile con i voli da ricognizione svolti (forse dell'U-2) sugli USA. (45) Ciò obbligò l'Air Force a fare delle dichiarazione ingannevoli al pubblico per abbassare la paura delle persone e proteggere un progetto della sicurezza nazionale straordinariamente sensibile. Un tempo forse giustificato, questo inganno ha portato acqua al mulino delle teorie della cospirazione più tardi e alla controversia sul cover up degli anni '70. La percentuale di ciò che l'Air Force ha considerato come delle osservazioni di OVNI inesplicate è caduta al 5,9 % nel 1955 e al 4 % nel 1956. (46)
Allo stesso momento una pressione si ebbe con la pubblicazione del rapporto del Robertson Panel sugli OVNI. Nel 1956 Edward Ruppelt, ex capo del projet BLUE BOOK dell'Air Force, rivelò pubblicamente l'esistenza del panel. Un best-seller dell'ufologo Donald Keyhoe, un maggiore in pensione del corpo dei Marine, lottò in favore della pubblicazione di tutte le informazioni del governo riguardo gli OVNI. I gruppi civili OVNI come il National Investigations Commitee on Aerial Phenomenon (NICAP) e l'Aerial Phenomenon Research Organization (APRO) spinsero immediatamente per la pubblicazione del rapporto del Robertson Panel. (47) Sotto pressione, l'Air Force domandò alla CIA l'autorizzazione di rimettere in circolazione e di fare apparire il rapporto.
A dispetto di una tale pressione Philip Strong, Direttore Aggiunto Ausiliario dell'OSI, rifiutò di rimettere in circolazione il rapporto e di divulgare il patrocinio del panel da parte della CIA. Come alternativa, l'Agenzia preparò una versione asettica del rapporto da cui aveva cancellato il riferimento alla CIA e evitato di menzionare la guerra psicologica potenziale nella controversia OVNI. (48)
Le domande, per maggiori informazioni del governo sugli OVNI non cessarono di aumentare. L'8 marzo 1958, Keyhoe, in una intervista con Mike Wallace della CBS, rivelò la partecipazione importante della CIA sul dossier OVNI e il patrocinio dell'Agenzia del Robertson Panel. Ciò suscitò una serie di ricorsi all'Agenzia da parte di Keyhoe e del Dr Leon Davidson, un ingegnere chimico e ufologo.
Domandarono la pubblicazione dell'intero rapporto del Robertson Panel e la conferma della partecipazione della CIA nei documenti OVNI. Davidson era eglòi stesso convinto che l'Agenzia, non l'Air Force, sopportava la maggiore parte della responsabilità dell'analisi degli OVNI e che "le attività del Governo USA e dei suoi erano responsabili delle osservazioni di dischi volanti dell'ultima decade." In effetti, perché i voli dell'U-2 e OXCART erano ancora segreti, Davidson era più vicino alla verità che egli sospettava.
Qui, tuttavia ha continuato fermamente la sua politica di non rivelare il suo ruolo nelle inchieste sugli OVNI e ha rifiutato di rimettere in circolazione l'integrale rapporto del Robertson Panel. (49)
Durante un incontro con i rappresentanti dell'Air Force per discutere del modo di trattare le future domande come quelle di Keyhoe e Davidson, gli ufficiali dell'Agenzia hanno confermato la loro opposizione alla declassificazione del rapporto intero e si sono preoccupati di ciò che Keyhoe aveva sentito dall'ex DCI V.Adm Roscoe Hillenkoetter, che ha servito nel comitato dei governatori del NICAP. Hanno discusso per sapere se il Consiglio Generale della CIA Lawrence R. Houston doveva mostrare a Hillenkoetter il rapport come possibilità di sgonfiare la situazione.
L'ufficiale della CIA Frank Chapin suggerì che Davidson poteva avere dei motivi ulteriori, "certo tra loro, forse, non vi era interesse per questo paese," e ha suggerito di portare delle domande all'FBI da indagare. (50) Benché il dossier fosse difficile, l'FBI ebbe svolto una inchiesta su Davidson o Keyhoe o no, o se lo stesso Houston non avesse mai visto Hillenkoetter riguardo al rapporto Robertson, Hillenkoetter si dimise dal NICAP nel 1962.(51)
L'Agenzia è stata implicata anche con Davidson e Keyhoe nei due casi OVNI Celebri negli anni '50, che hanno contribuito a una diffidenza crescente del Pubblico nei confronti della CIA quanto agli OVNI. Uno si concentrò su ciò che è stato indicato come una registrazione di un segnale radio di un disco volante; l'altro concerneva delle foto di un disco volante. L'incidente del "codice radio" iniziò abbastanza innocentemente nel 1955, quando due sorelle di una certa età di Chicago, Mildred e Marie Maier, riferirono sul Journal of Space Flight le loro esperienze con gli OVNI, includente la registrazione di un codice radio non identificato che dissero di aver ascoltato. Le sorelle registrarono il programma e altri radio operatori dichiararono di aver ascoltato il "messaggio dello spazio."
L'OSI si interessò al caso e demandò alla Branca di Contatto Scientifico d'avere una copia della registrazione. (52)
Gli ufficiali della Divisione di Contatto (CD), tra cui Dewelt Walker, presero contatto con le sorelle Maier, che erano "emozionate dal fatto che il governo fosse interessato," e presero un appuntamento per incontrarle. (53) Tentando di procurarsi la registrazione magnetica, gli ufficiali dell'Agenzia hanno riferito che erano arrivati in una scena tipo Arsenico e Vecchi Merletti. "La sola cosa mancante era il vino di bacca" in una telex di Walker a quartier generale. Dopo aver esaminato l'album delle foto delle sorelle sul loor tavolo, gli ufficiali si sono procurati una copia della registrazione. (54) L'OSI ha analizzato il nastro e ha trovato che non era niente più che un codice Morse di sede della radio.
Il soggetto si era calmato fin quando l'ufologo Leon Davidson parlò con le sorelle Maier nel 1957. Le sorelle si ricordarono che avevano parlato con un signor Walker che disse che era dell'USAF.
Davidson allora scrisse a un signor Walker, credendo che fosse un ufficiale dell'intelligence dell'Air Force di Wright-Patterson, per domandare se il nastro fosse stato analizzato dall'ATIC. Dewelt Walker rispose a Davidson che il nastro era stato dato alle autorità adeguate per l'analisi, e che nessuna informazione fosse disponibile a proposito dei risultati. Non soddisfatti, e sospettando di questo Walzer, d'essere in realtà un ufficiale della CIA, Davidson scrisse subito al DCI Allen Dulles esigendo di sapere che questo messaggio in codice era stato preso e chi fosse il signor Walker. (55)
L'Agenzia, voleva conservare il segreto l'identità di Walker essendo un impiegato della CIA, rispose che un'altra agenzia del governo aveva analizzato il nastro in questione e che Davidson avrebbe avuto notizie dall'Air Force. (56) Il 5 agosto, l'Air Force scrisse a Davidson che Walker "era ed è un Ufficiale dell'Air Force" e che il nastro "è stato analizzato da un'altra organizzazione del governo."
L'Air Force confermò in queste lettere che la registrazione conteneva solamente un codice Morse identificabile che proveniva da una stazione radio statunitense nota. (57)
Davidson scrisse di nuovo a Dulles. Questa volta ha voluto sapere l'identità dell'operatore Morse e dell'agenzia che aveva condotto l'analisi. La CIA e l'Air Force erano ora in una situazione imbarazzante. L'Agenzia aveva negato in precedenza che avesse realmente analizzato il nastro. L'Air Force aveva negato anche l'analisi il nastro e aveva dichiarato che Walker era un ufficiale dell'Air Force. Degli ufficiali della CIA, sotto copertura, hanno contattato Davidson a Chicago e gli hanno promesso di avere la traduzione del codice e l'identificazione dell'emittente, se possibile. (58)
In un altro tentativo per calmare Davidson, un ufficiale della CIA, ancora Sotto copertura, e con la sua uniforma dell'Air Force, contattò Davidson a New York City. L'ufficiale della CIA spiegò che non c'erano dei super-agenti implicati e che la politica dell'Air Force non era di divulgare ciò che faceva. Mentre sembrava accettare tale discussione, Davidson appoggiò tuttavia la rivelazione del messaggio della registrazione e la fonte. L'ufficiale consentì di vedere ciò che poteva fare. (59) Dopo aver controllato con il quartier generale, l'ufficiale della CIA telefonò a Davidson per dirgli che una ricerca coscienziosa era stata fatta e, poiché si sapeva che il segnale era di origine statunitense, il nastro e le note dell'epoca erano state distrutte per conservare dello spazio nel dossier. (60)
Furiosamente in collera su ciò che aveva percepito come un volta faccia, Davidson disse all'ufficiale della CIA che "lui e la sua agenzia, qualunque fosse, agivano come Jimmy Hoffa e il Teamster Union per distruggere le prove che potevano accusarli." (61) Credendo che ogni nuovo contatto con Davidson che incoraggiava solamente più di una speculazione, la Divisione di Contatto s'é lavata le mani della questione riferendo al DCI e all'ATIC che non rispondeva a loro e che non avrebbero dovuto più contattare Davidson. (62) Dunque, un piccolo incidente, piuttosto bizzarro, maltrattato dalla CIA e dall'Air Force, s'è trasformato in un avvenimento importante, ciò portava acqua al mulino del mistero crescente degli OVNI e del ruolo della CIA nel loro studio.
Un altro avvenimento minore qualche mese più tardi ha riesumato delle questioni supplementari sul ruolo reale dell'Agenzia quanto ai dischi volanti.
L'inquietudine della CIA sul segreto in la materia fu ancora peggiore. Nel 1958 il Maggiore Keyhoe dichiarò che l'Agenzia domandava deliberatamente ai testimoni oculari di OVNI, di non rendere pubbliche le loro osservazioni.(63)
L'incidente prese ampiezza a partire da una domanda dell'OSI del novembre 1957 al CD per ottenere da Ralph C. Maiher, un fotografo della KYW-TV di Cleveland, Ohio, delle foto che aveva preso nel 1952 di un oggetto volante non identificato. Henri Real, un ufficiale della CD, contattò Maiher e ottenne delle copie delle foto per l'analisi.
Il 12 dicembre 1957, John Hazen, un altro ufficiale della CD, restituì le cinque foto dell'OVNI presunto a Maiher senza commenti. Maiher domandò a Hazen la valutazione, fatta dall'Agenzia, delle foto, spigando che tentava di organizzare una trasmissione TV per parlare al pubblico degli OVNI. Volle menzionare che alla vista di queste foto, una organizzazione statunitense dell'intelligence aveva esaminato le foto e le aveva trovate interessanti. Benché abbia raccomandato a Maiher di non citarle, Hazen affermò che Maiher era un cittadino statunitense e doveva decidere da solo su ciò che faceva. (64)
Keyhoe contattò Maiher più tardi, e lui gli raccontò la sua storia della CIA e delel foto. Keyhoe domandò allora all'Agenzia di confermare l'impiego di Hazen in una lettera, per esporre il ruolo della CIA nelle indagini sugli OVNI. L'Agenzia rifiutò, a dispetto del fatto che i rappresentanti della CD erano normalmente aperte e che aveva portato delle referenze che identificavano la loro associazione con l'Agenzia. L'assistente del DCI Dulles, John S. Earman, inviò semplicemente una lettera diplomatica a Keyhoe che notava che, poiché gli OVNI erano l'inquietudine fondamentale del Dipartimento dell'Air Force, l'Agenzia aveva trasmesso la sua lettera all'Air Force per una risposta appropriata. Come la risposta a Davidson, la risposta dell'Agenzia a Keyhoe ha solamente alimentato la speculazione che l'Agenzia era implicata profondamente nelle osservazioni di OVNI. La pressione per la pubblicazione delle informazioni della CIA sugli OVNI continuò a crescere.(65)
Benché la CIA avesse un interesse declinante per gli OVNI, continuò a controllare gli avvistamenti di OVNI. Gli ufficiali dell'agenzia sentirono il bisogno di restare ben informati sugli OVNI allertando solamente il DCI con rapporti sugli eventi più sensazionali concernenti gli OVNI. (66)